(1)培养温度食用菌菌丝的增殖及次级代谢产物的产生都在各种酶的催化下进行，而酶的催化反应需要适宜的温度，多数食用菌的适温度在22～30℃范围内。如香菇为25～26℃，金针菇、平菇为22～25℃，灵芝为28～30℃，云芝为30～31℃，猴头菇为24～26℃。培养温度过低，菌丝生长缓慢；培养温度过高，菌丝球松散、稀疏、活力降低、质量变差。

    (2)摇床的振荡频率和摇瓶的装液量摇床的振荡频率和摇瓶的装液量直接影响到培养液中氧气的含量。摇床的振荡频率越高，摇瓶的装液量越少，则培养液中溶解氧的含量往往越高。

    (3)培养液酸碱度培养液的酸碱度直接影响营养物质吸收、酶活性及菌丝球生长等。培养液的酸碱度必须在灭菌前调整合适。大多数药用真菌的液体发酵，多采用自然pH或控制在pH5. 0～6.5的范围内。如果需要对培养液pH进行调节，可采用低浓度氢氧化钠及盐酸进行。为了防止培养液中酸碱度的剧烈变化，也常在培养液中加入碳酸钙、磷酸盐等缓冲物质。

    培养液的酸碱度一般会随着菌体的生长而变化。发酵培养到了中期，多数菌丝会产生一些酸性物质如乙酸、柠檬酸、草酸等造成培养液pH下降；到了发酵后期，有的菌种菌液中pH会回升。一些无机盐，如碳酸铵被菌丝利用后，会引起pH值下降。葡萄糖作为碳源时，因丙酮酸迅速积累，会引起pH下降；而以乳糖为碳源时因乳糖的吸收较缓慢，pH下降较慢。因此，测定不同菌龄时培养液的pH，对了解菌丝的生长、代谢、生理生化反应等是一项重要的参数。要精确测定pH，可用酸度计进行，也可用pH试纸先进行粗测。摇瓶培养的pH测定必须将菌液倒出测定。

    (4)接入菌种的菌龄接入菌种的菌龄可以影响到摇瓶培养的结果。如菌种老化，则生活力降低，摇瓶中菌体的生长速度减弱，形成的菌丝球减少，培养的液体菌种的质量则较差。所以，应当选择生活力旺盛，生长健壮的试管斜面菌种进行摇瓶培养；如果是二级液体菌种制作，则接入的液体菌种的菌龄也不应老化。

    (5)接种量摇瓶培养的接种量指一级摇瓶种子对二级摇瓶所接入菌液量与培养液的比值。如对二级摇瓶1000mL的培养液中接入50mL的菌液，称接种量为5%。这种接种量的计量方法比较粗糙，并不精确。理论上应以接入菌丝的克数来计量。但在实际操作中因步骤繁杂、易污染而难以实现。一般来讲，摇瓶培养的接种量越大，培养周期越短，反之则长。食（药）用菌液体发酵的接种量一般在5%～30%，但接种量并非越大越好。例如银耳孢子的液体发酵，其适接种量为5%～10%。生产上的佳接种量是以目的物的产量及生产成本综合考虑的结果。此外，接入菌液的菌丝状态将显著影响菌丝的增殖及次生代谢产物的产生。一般可采用匀浆器将菌球打碎成菌丝片段或在摇瓶中加入玻璃球将菌球分散，菌种接入后方能显出迅速的增殖效果。

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